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1
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<RESOURCE_PROFILE>
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<HEADER>
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3
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<RESOURCE_IDENTIFIER value="f20483e7-46c4-4cec-87a8-17a0cbe1a003_VHJhbnNmb3JtYXRpb25SdWxlRFNSZXNvdXJjZXMvVHJhbnNmb3JtYXRpb25SdWxlRFNSZXNvdXJjZVR5cGU="/>
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4
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<RESOURCE_TYPE value="TransformationRuleDSResourceType"/>
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5
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<RESOURCE_KIND value="TransformationRuleDSResources"/>
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6
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<RESOURCE_URI value=""/>
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<DATE_OF_CREATION value="2016-03-11T12:07:02+00:00"/>
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</HEADER>
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<BODY>
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<CONFIGURATION>
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<IMPORTED/>
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<SCRIPT>
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<TITLE>xslt_nlm2oaf_pmc</TITLE>
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14
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<CODE><xsl:stylesheet xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform" version="1.1"
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15
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xmlns:dri="http://www.driver-repository.eu/namespace/dri"
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16
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xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
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17
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xmlns:oaf="http://namespace.openaire.eu/oaf"
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18
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xmlns:dr="http://www.driver-repository.eu/namespace/dr"
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19
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xmlns:transformExt="http://namespace.openaire.eu/java/org.apache.commons.codec.digest.DigestUtils"
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20
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xmlns:TransformationFunction="eu.dnetlib.data.collective.transformation.core.xsl.ext.TransformationFunctionProxy"
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21
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extension-element-prefixes="transformExt TransformationFunction"
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22
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exclude-result-prefixes="transformExt TransformationFunction" >
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<xsl:output indent="yes" omit-xml-declaration="yes"/>
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<xsl:param name="varOfficialName" />
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<xsl:param name="varDsType" />
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<xsl:param name="varDataSourceId" />
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<xsl:param name="varFP7" select="'corda_______::'"/>
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29
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<xsl:param name="varH2020" select="'corda__h2020::'"/>
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30
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<xsl:param name="epmcUrlPrefix" select="'http://europepmc.org/articles/'" />
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31
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<xsl:param name="repoCode" select="substring-before(//*[local-name() = 'header']/*[local-name()='recordIdentifier'], ':')"/>
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32
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33
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<xsl:param name="index" select="0"/>
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34
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<xsl:param name="transDate" select="current-dateTime()"/>
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35
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<xsl:variable name="tf" select="TransformationFunction:getInstance()"/>
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36
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<xsl:variable name="year" select="format-number( ( //*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@pub-type='epub']/*[local-name()='year'] | //*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@date-type='pub' and @publication-format='electronic']/*[local-name()='year']), '0000')" />
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37
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<xsl:variable name="month" select="format-number( (//*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@pub-type='epub']/*[local-name()='month'] | //*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@date-type='pub' and @publication-format='electronic']/*[local-name()='month']), '00')" />
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38
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<xsl:variable name="day" select="format-number( (//*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@pub-type='epub']/*[local-name()='day'] | //*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@date-type='pub' and @publication-format='electronic']/*[local-name()='day']), '00')" />
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39
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<xsl:template name="terminate">
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<xsl:message terminate="yes">
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42
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record is not compliant, transformation is interrupted.
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43
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</xsl:message>
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44
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</xsl:template>
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45
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46
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<xsl:template match="/">
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<record>
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<xsl:apply-templates select="//*[local-name() = 'header']" />
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49
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<metadata>
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50
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<xsl:call-template name="allElements">
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51
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name() = 'article-meta']//*[local-name()='article-title']"/>
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52
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:title'"/>
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53
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</xsl:call-template>
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54
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<xsl:call-template name="authors">
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55
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name() = 'contrib'][@contrib-type='author']"/>
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56
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</xsl:call-template>
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57
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<!-- <xsl:call-template name="allElements">
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58
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//dc:contributor"/>
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59
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:contributor'"/>
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60
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</xsl:call-template>
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61
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-->
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62
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<xsl:call-template name="allElements">
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63
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='article-meta']/*[local-name()='abstract']"/>
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64
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:description'"/>
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65
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</xsl:call-template>
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66
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<xsl:call-template name="allElements">
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67
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='article-categories']//*[local-name()='subject']"/>
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68
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:subject'"/>
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69
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</xsl:call-template>
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70
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<xsl:call-template name="allElements">
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71
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='kwd-group']//*[local-name()='kwd']"/>
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72
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:subject'"/>
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73
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</xsl:call-template>
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74
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<xsl:call-template name="allElements">
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75
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='publisher']/*[local-name()='publisher-name']"/>
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76
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:publisher'"/>
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77
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</xsl:call-template>
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78
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<xsl:call-template name="allElements">
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79
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='journal-meta']//*[local-name()='journal-title']"/>
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80
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:source'"/>
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81
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</xsl:call-template>
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82
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<xsl:element name="dc:language">
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83
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<xsl:text>eng</xsl:text>
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84
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</xsl:element>
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85
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<xsl:element name="dc:identifier">
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86
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<xsl:value-of select="concat($epmcUrlPrefix, //*[local-name()='article-id'][@pub-id-type='pmcid'])" />
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87
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</xsl:element>
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88
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<xsl:element name="oaf:dateAccepted">
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<xsl:choose>
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90
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<xsl:when test="//*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@pub-type='epub'] or //*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@date-type='pub' and @publication-format='electronic']" >
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91
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92
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<xsl:if test="string(number($month)) eq 'NaN'" >
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93
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<xsl:value-of select="concat($year, '-', '01', '-', '01')" />
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94
|
</xsl:if>
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95
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<xsl:if test="string(number($month)) != 'NaN'" >
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96
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<xsl:value-of select="concat($year, '-', $month, '-', '01')" />
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97
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</xsl:if>
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98
|
</xsl:when>
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99
|
<xsl:otherwise>
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100
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<xsl:value-of select="concat(//*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@pub-type='ppub']/*[local-name()='year'], '-01-01')" />
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101
|
</xsl:otherwise>
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102
|
</xsl:choose>
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103
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</xsl:element>
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104
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<xsl:call-template name="allElements">
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105
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='permissions']/*[local-name()='copyright-statement']"/>
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106
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:rights'"/>
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107
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</xsl:call-template>
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108
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<xsl:call-template name="allElements">
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109
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='permissions']/*[local-name()='license']"/>
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110
|
<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:rights'"/>
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111
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</xsl:call-template>
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112
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<xsl:call-template name="allElements">
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113
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='fn-group']//*[local-name()='fn']"/>
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114
|
<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:relation'"/>
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115
|
</xsl:call-template>
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116
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<xsl:call-template name="identifiers">
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117
|
<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='article-id']"/>
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118
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</xsl:call-template>
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119
|
<xsl:element name="oaf:accessrights">
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120
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<xsl:text>OPEN</xsl:text>
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121
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</xsl:element>
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122
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<xsl:element name="dr:CobjCategory">
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123
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<xsl:text>0001</xsl:text>
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124
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</xsl:element>
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125
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<xsl:call-template name="journal">
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126
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<xsl:with-param name="journalTitle" select="//*[local-name()='journal-meta']//*[local-name()='journal-title']"/>
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127
|
<xsl:with-param name="issn" select="//*[local-name()='journal-meta']/*[local-name()='issn'][@pub-type='ppub']"/>
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128
|
<xsl:with-param name="eissn" select="//*[local-name()='journal-meta']/*[local-name()='issn'][@pub-type='epub']"/>
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129
|
<xsl:with-param name="vol" select="//*[local-name()='article-meta']/*[local-name()='volume']"/>
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130
|
<xsl:with-param name="issue" select="//*[local-name()='article-meta']/*[local-name()='issue']"/>
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131
|
<xsl:with-param name="sp" select="//*[local-name()='article-meta']/*[local-name()='fpage']"/>
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132
|
<xsl:with-param name="ep" select="//*[local-name()='article-meta']/*[local-name()='lpage']"/>
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133
|
</xsl:call-template>
|
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134
|
<oaf:hostedBy>
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135
|
<xsl:attribute name="name">
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136
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<xsl:value-of select="$varOfficialName"/>
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137
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</xsl:attribute>
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138
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<xsl:attribute name="id">
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139
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<xsl:value-of select="$varDataSourceId"/>
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140
|
</xsl:attribute>
|
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141
|
</oaf:hostedBy>
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142
|
<oaf:collectedFrom>
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143
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<xsl:attribute name="name">
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144
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<xsl:value-of select="$varOfficialName"/>
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145
|
</xsl:attribute>
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146
|
<xsl:attribute name="id">
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|
147
|
<xsl:value-of select="$varDataSourceId"/>
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148
|
</xsl:attribute>
|
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149
|
</oaf:collectedFrom>
|
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150
|
</metadata>
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151
|
<xsl:copy-of select="//*[local-name() = 'about']" />
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152
|
</record>
|
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153
|
|
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154
|
</xsl:template>
|
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155
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156
|
<xsl:template name="allElements">
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157
|
<xsl:param name="sourceElement"/>
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158
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<xsl:param name="targetElement"/>
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159
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<xsl:for-each select="$sourceElement">
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160
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<xsl:element name="{$targetElement}">
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161
|
<xsl:value-of select="normalize-space(.)"/>
|
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162
|
</xsl:element>
|
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163
|
</xsl:for-each>
|
|
164
|
</xsl:template>
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165
|
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166
|
<xsl:template name="journal">
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167
|
<xsl:param name="journalTitle"/>
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168
|
<xsl:param name="issn"/>
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169
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<xsl:param name="eissn"/>
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170
|
<xsl:param name="vol"/>
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|
171
|
<xsl:param name="issue"/>
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172
|
<xsl:param name="sp"/>
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173
|
<xsl:param name="ep"/>
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174
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<xsl:element name="oaf:journal">
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175
|
<xsl:attribute name="issn">
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176
|
<xsl:value-of select="normalize-space($issn)"/>
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177
|
</xsl:attribute>
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178
|
<xsl:attribute name="eissn">
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179
|
<xsl:value-of select="normalize-space($eissn)"/>
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180
|
</xsl:attribute>
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181
|
<xsl:attribute name="vol">
|
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182
|
<xsl:value-of select="normalize-space($vol)"/>
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183
|
</xsl:attribute>
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184
|
<xsl:attribute name="iss">
|
|
185
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<xsl:value-of select="normalize-space($issue)"/>
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186
|
</xsl:attribute>
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187
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<xsl:attribute name="sp">
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188
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<xsl:value-of select="normalize-space($sp)"/>
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189
|
</xsl:attribute>
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190
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<xsl:attribute name="ep">
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191
|
<xsl:value-of select="normalize-space($ep)"/>
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192
|
</xsl:attribute>
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193
|
<xsl:value-of select="normalize-space($journalTitle)"/>
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194
|
</xsl:element>
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195
|
</xsl:template>
|
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196
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197
|
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198
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<xsl:template name="identifiers">
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|
199
|
<xsl:param name="sourceElement"/>
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200
|
<xsl:element name="oaf:identifier">
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201
|
<xsl:attribute name="identifierType">
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202
|
<xsl:text>doi</xsl:text>
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203
|
</xsl:attribute>
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|
204
|
<xsl:value-of select="$sourceElement[@pub-id-type='doi']"/>
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205
|
</xsl:element>
|
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206
|
<xsl:element name="oaf:identifier">
|
|
207
|
<xsl:attribute name="identifierType">
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208
|
<xsl:text>pmc</xsl:text>
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209
|
</xsl:attribute>
|
|
210
|
<xsl:value-of select="$sourceElement[@pub-id-type='pmcid']"/>
|
|
211
|
</xsl:element>
|
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212
|
<xsl:element name="oaf:identifier">
|
|
213
|
<xsl:attribute name="identifierType">
|
|
214
|
<xsl:text>pmid</xsl:text>
|
|
215
|
</xsl:attribute>
|
|
216
|
<xsl:value-of select="$sourceElement[@pub-id-type='pmid']"/>
|
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217
|
</xsl:element>
|
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218
|
</xsl:template>
|
|
219
|
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220
|
<xsl:template name="authors">
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|
221
|
<xsl:param name="sourceElement"/>
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222
|
<xsl:for-each select="$sourceElement">
|
|
223
|
<xsl:element name="dc:creator">
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|
224
|
<xsl:if test="./*[local-name()='contrib-id'][@contrib-id-type='orcid']">
|
|
225
|
<xsl:attribute name="nameIdentifierScheme">
|
|
226
|
<xsl:text>ORCID</xsl:text>
|
|
227
|
</xsl:attribute>
|
|
228
|
<xsl:attribute name="schemeURI">
|
|
229
|
<xsl:text>http://orcid.org/</xsl:text>
|
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230
|
</xsl:attribute>
|
|
231
|
<xsl:attribute name="nameIdentifier">
|
|
232
|
<xsl:value-of select="substring-after(./*[local-name()='contrib-id'][@contrib-id-type='orcid'], 'http://orcid.org/')"/>
|
|
233
|
</xsl:attribute>
|
|
234
|
</xsl:if>
|
|
235
|
<xsl:value-of select="concat(normalize-space(./*[local-name()='name']/*[local-name()='surname']), ', ', normalize-space(./*[local-name()='name']/*[local-name()='given-names']))"/>
|
|
236
|
</xsl:element>
|
|
237
|
</xsl:for-each>
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238
|
</xsl:template>
|
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239
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240
|
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241
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242
|
<xsl:template match="//*[local-name() = 'header']">
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243
|
<xsl:copy>
|
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244
|
<xsl:apply-templates select="node()|@*"/>
|
|
245
|
<xsl:element name="dr:dateOfTransformation">
|
|
246
|
<xsl:value-of select="$transDate"/>
|
|
247
|
</xsl:element>
|
|
248
|
</xsl:copy>
|
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249
|
</xsl:template>
|
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250
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251
|
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252
|
<xsl:template match="node()|@*">
|
|
253
|
<xsl:copy>
|
|
254
|
<xsl:apply-templates select="node()|@*"/>
|
|
255
|
</xsl:copy>
|
|
256
|
</xsl:template>
|
|
257
|
</xsl:stylesheet></CODE>
|
|
258
|
</SCRIPT>
|
|
259
|
</CONFIGURATION>
|
|
260
|
<STATUS/>
|
|
261
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<SECURITY_PARAMETERS>SECURITY_PARAMETERS</SECURITY_PARAMETERS>
|
|
262
|
</BODY>
|
|
263
|
</RESOURCE_PROFILE>
|