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41659
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jochen.sch
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<RESOURCE_PROFILE>
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<HEADER>
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<RESOURCE_IDENTIFIER value="f20483e7-46c4-4cec-87a8-17a0cbe1a003_VHJhbnNmb3JtYXRpb25SdWxlRFNSZXNvdXJjZXMvVHJhbnNmb3JtYXRpb25SdWxlRFNSZXNvdXJjZVR5cGU="/>
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<RESOURCE_TYPE value="TransformationRuleDSResourceType"/>
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<RESOURCE_KIND value="TransformationRuleDSResources"/>
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<RESOURCE_URI value=""/>
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<DATE_OF_CREATION value="2016-03-11T12:07:02+00:00"/>
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</HEADER>
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<BODY>
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<CONFIGURATION>
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<IMPORTED/>
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<SCRIPT>
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<TITLE>xslt_nlm2oaf_pmc</TITLE>
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<CODE><xsl:stylesheet xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform" version="1.1"
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xmlns:dri="http://www.driver-repository.eu/namespace/dri"
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16 |
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xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
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xmlns:oaf="http://namespace.openaire.eu/oaf"
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xmlns:transformExt="http://namespace.openaire.eu/java/org.apache.commons.codec.digest.DigestUtils"
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xmlns:TransformationFunction="eu.dnetlib.data.collective.transformation.core.xsl.ext.TransformationFunctionProxy"
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extension-element-prefixes="transformExt TransformationFunction"
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exclude-result-prefixes="transformExt TransformationFunction" >
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<xsl:output indent="yes" omit-xml-declaration="yes"/>
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<xsl:param name="varOfficialName" />
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<xsl:param name="varDsType" />
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<xsl:param name="varDataSourceId" />
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<xsl:param name="varFP7" select="'corda_______::'"/>
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<xsl:param name="varH2020" select="'corda__h2020::'"/>
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30 |
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<xsl:param name="epmcUrlPrefix" select="'http://europepmc.org/articles/'" />
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31 |
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<xsl:param name="repoCode" select="substring-before(//*[local-name() = 'header']/*[local-name()='recordIdentifier'], ':')"/>
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<xsl:param name="index" select="0"/>
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<xsl:param name="transDate" select="current-dateTime()"/>
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<xsl:variable name="tf" select="TransformationFunction:getInstance()"/>
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jochen.sch
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<xsl:variable name="year" select="format-number( ( //*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@pub-type='epub']/*[local-name()='year'] | //*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@date-type='pub' and @publication-format='electronic']/*[local-name()='year']), '0000')" />
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37 |
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<xsl:variable name="month" select="format-number( (//*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@pub-type='epub']/*[local-name()='month'] | //*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@date-type='pub' and @publication-format='electronic']/*[local-name()='month']), '00')" />
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38 |
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<xsl:variable name="day" select="format-number( (//*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@pub-type='epub']/*[local-name()='day'] | //*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@date-type='pub' and @publication-format='electronic']/*[local-name()='day']), '00')" />
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jochen.sch
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<xsl:template name="terminate">
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<xsl:message terminate="yes">
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record is not compliant, transformation is interrupted.
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</xsl:message>
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</xsl:template>
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<xsl:template match="/">
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<record>
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<xsl:apply-templates select="//*[local-name() = 'header']" />
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<metadata>
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<xsl:call-template name="allElements">
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51 |
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name() = 'article-meta']//*[local-name()='article-title']"/>
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52 |
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:title'"/>
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53 |
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</xsl:call-template>
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54 |
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<xsl:call-template name="authors">
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55 |
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name() = 'contrib'][@contrib-type='author']"/>
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</xsl:call-template>
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57 |
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<!-- <xsl:call-template name="allElements">
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58 |
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//dc:contributor"/>
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59 |
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:contributor'"/>
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60 |
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</xsl:call-template>
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-->
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62 |
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<xsl:call-template name="allElements">
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63 |
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='article-meta']/*[local-name()='abstract']"/>
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64 |
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:description'"/>
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</xsl:call-template>
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66 |
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<xsl:call-template name="allElements">
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67 |
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='article-categories']//*[local-name()='subject']"/>
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68 |
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:subject'"/>
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</xsl:call-template>
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70 |
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<xsl:call-template name="allElements">
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71 |
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='kwd-group']//*[local-name()='kwd']"/>
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72 |
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:subject'"/>
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73 |
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</xsl:call-template>
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74 |
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<xsl:call-template name="allElements">
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75 |
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='publisher']/*[local-name()='publisher-name']"/>
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76 |
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:publisher'"/>
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</xsl:call-template>
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78 |
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<xsl:call-template name="allElements">
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='journal-meta']//*[local-name()='journal-title']"/>
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:source'"/>
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81 |
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</xsl:call-template>
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82 |
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<xsl:element name="dc:language">
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<xsl:text>eng</xsl:text>
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</xsl:element>
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85 |
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<xsl:element name="dc:identifier">
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86 |
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<xsl:value-of select="concat($epmcUrlPrefix, //*[local-name()='article-id'][@pub-id-type='pmcid'])" />
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</xsl:element>
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88 |
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<xsl:element name="oaf:dateAccepted">
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<xsl:choose>
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jochen.sch
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<xsl:when test="//*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@pub-type='epub'] or //*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@date-type='pub' and @publication-format='electronic']" >
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91 |
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jochen.sch
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<xsl:if test="string(number($month)) eq 'NaN'" >
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<xsl:value-of select="concat($year, '-', '01', '-', '01')" />
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</xsl:if>
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<xsl:if test="string(number($month)) != 'NaN'" >
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<xsl:value-of select="concat($year, '-', $month, '-', '01')" />
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97 |
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</xsl:if>
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98 |
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</xsl:when>
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99 |
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<xsl:otherwise>
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100 |
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<xsl:value-of select="concat(//*[local-name()='article-meta']//*[local-name()='pub-date'][@pub-type='ppub']/*[local-name()='year'], '-01-01')" />
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101 |
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|
</xsl:otherwise>
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102 |
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</xsl:choose>
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103 |
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</xsl:element>
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104 |
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<xsl:call-template name="allElements">
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105 |
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='permissions']/*[local-name()='copyright-statement']"/>
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106 |
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:rights'"/>
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107 |
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</xsl:call-template>
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108 |
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<xsl:call-template name="allElements">
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109 |
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<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='permissions']/*[local-name()='license']"/>
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110 |
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<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:rights'"/>
|
111 |
|
|
</xsl:call-template>
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112 |
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<xsl:call-template name="allElements">
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113 |
|
|
<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='fn-group']//*[local-name()='fn']"/>
|
114 |
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|
<xsl:with-param name="targetElement" select="'dc:relation'"/>
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115 |
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</xsl:call-template>
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116 |
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<xsl:call-template name="identifiers">
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117 |
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|
<xsl:with-param name="sourceElement" select="//*[local-name()='article-id']"/>
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118 |
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</xsl:call-template>
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119 |
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<xsl:element name="oaf:accessrights">
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120 |
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<xsl:text>OPEN</xsl:text>
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121 |
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</xsl:element>
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122 |
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<xsl:element name="dr:CobjCategory">
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123 |
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<xsl:text>0001</xsl:text>
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124 |
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</xsl:element>
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125 |
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<xsl:call-template name="journal">
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126 |
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|
<xsl:with-param name="journalTitle" select="//*[local-name()='journal-meta']//*[local-name()='journal-title']"/>
|
127 |
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|
<xsl:with-param name="issn" select="//*[local-name()='journal-meta']/*[local-name()='issn'][@pub-type='ppub']"/>
|
128 |
|
|
<xsl:with-param name="eissn" select="//*[local-name()='journal-meta']/*[local-name()='issn'][@pub-type='epub']"/>
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129 |
|
|
<xsl:with-param name="vol" select="//*[local-name()='article-meta']/*[local-name()='volume']"/>
|
130 |
|
|
<xsl:with-param name="issue" select="//*[local-name()='article-meta']/*[local-name()='issue']"/>
|
131 |
|
|
<xsl:with-param name="sp" select="//*[local-name()='article-meta']/*[local-name()='fpage']"/>
|
132 |
|
|
<xsl:with-param name="ep" select="//*[local-name()='article-meta']/*[local-name()='lpage']"/>
|
133 |
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|
</xsl:call-template>
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134 |
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|
<oaf:hostedBy>
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135 |
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<xsl:attribute name="name">
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136 |
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<xsl:value-of select="$varOfficialName"/>
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137 |
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|
</xsl:attribute>
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138 |
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<xsl:attribute name="id">
|
139 |
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<xsl:value-of select="$varDataSourceId"/>
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140 |
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|
</xsl:attribute>
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141 |
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</oaf:hostedBy>
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142 |
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<oaf:collectedFrom>
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143 |
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<xsl:attribute name="name">
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144 |
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|
<xsl:value-of select="$varOfficialName"/>
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145 |
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|
</xsl:attribute>
|
146 |
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<xsl:attribute name="id">
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147 |
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|
<xsl:value-of select="$varDataSourceId"/>
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148 |
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</xsl:attribute>
|
149 |
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|
</oaf:collectedFrom>
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150 |
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</metadata>
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151 |
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<xsl:copy-of select="//*[local-name() = 'about']" />
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152 |
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</record>
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153 |
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154 |
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</xsl:template>
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155 |
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156 |
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<xsl:template name="allElements">
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157 |
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<xsl:param name="sourceElement"/>
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158 |
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<xsl:param name="targetElement"/>
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159 |
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<xsl:for-each select="$sourceElement">
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160 |
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<xsl:element name="{$targetElement}">
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161 |
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<xsl:value-of select="normalize-space(.)"/>
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162 |
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|
</xsl:element>
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163 |
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</xsl:for-each>
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164 |
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|
</xsl:template>
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165 |
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166 |
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<xsl:template name="journal">
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167 |
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<xsl:param name="journalTitle"/>
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168 |
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<xsl:param name="issn"/>
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169 |
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<xsl:param name="eissn"/>
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170 |
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|
<xsl:param name="vol"/>
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171 |
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<xsl:param name="issue"/>
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172 |
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<xsl:param name="sp"/>
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173 |
|
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<xsl:param name="ep"/>
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174 |
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<xsl:element name="oaf:journal">
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175 |
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<xsl:attribute name="issn">
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176 |
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|
<xsl:value-of select="normalize-space($issn)"/>
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177 |
|
|
</xsl:attribute>
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178 |
|
|
<xsl:attribute name="eissn">
|
179 |
|
|
<xsl:value-of select="normalize-space($eissn)"/>
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180 |
|
|
</xsl:attribute>
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181 |
|
|
<xsl:attribute name="vol">
|
182 |
|
|
<xsl:value-of select="normalize-space($vol)"/>
|
183 |
|
|
</xsl:attribute>
|
184 |
|
|
<xsl:attribute name="iss">
|
185 |
|
|
<xsl:value-of select="normalize-space($issue)"/>
|
186 |
|
|
</xsl:attribute>
|
187 |
|
|
<xsl:attribute name="sp">
|
188 |
|
|
<xsl:value-of select="normalize-space($sp)"/>
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189 |
|
|
</xsl:attribute>
|
190 |
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|
<xsl:attribute name="ep">
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191 |
|
|
<xsl:value-of select="normalize-space($ep)"/>
|
192 |
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|
</xsl:attribute>
|
193 |
|
|
<xsl:value-of select="normalize-space($journalTitle)"/>
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194 |
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|
</xsl:element>
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195 |
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|
</xsl:template>
|
196 |
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197 |
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|
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198 |
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<xsl:template name="identifiers">
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199 |
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|
<xsl:param name="sourceElement"/>
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200 |
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|
<xsl:element name="oaf:identifier">
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201 |
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|
<xsl:attribute name="identifierType">
|
202 |
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|
<xsl:text>doi</xsl:text>
|
203 |
|
|
</xsl:attribute>
|
204 |
|
|
<xsl:value-of select="$sourceElement[@pub-id-type='doi']"/>
|
205 |
|
|
</xsl:element>
|
206 |
|
|
<xsl:element name="oaf:identifier">
|
207 |
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|
<xsl:attribute name="identifierType">
|
208 |
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|
<xsl:text>pmc</xsl:text>
|
209 |
|
|
</xsl:attribute>
|
210 |
|
|
<xsl:value-of select="$sourceElement[@pub-id-type='pmcid']"/>
|
211 |
|
|
</xsl:element>
|
212 |
|
|
<xsl:element name="oaf:identifier">
|
213 |
|
|
<xsl:attribute name="identifierType">
|
214 |
|
|
<xsl:text>pmid</xsl:text>
|
215 |
|
|
</xsl:attribute>
|
216 |
|
|
<xsl:value-of select="$sourceElement[@pub-id-type='pmid']"/>
|
217 |
|
|
</xsl:element>
|
218 |
|
|
</xsl:template>
|
219 |
|
|
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220 |
|
|
<xsl:template name="authors">
|
221 |
|
|
<xsl:param name="sourceElement"/>
|
222 |
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|
<xsl:for-each select="$sourceElement">
|
223 |
|
|
<xsl:element name="dc:creator">
|
224 |
|
|
<xsl:if test="./*[local-name()='contrib-id'][@contrib-id-type='orcid']">
|
225 |
|
|
<xsl:attribute name="nameIdentifierScheme">
|
226 |
|
|
<xsl:text>ORCID</xsl:text>
|
227 |
|
|
</xsl:attribute>
|
228 |
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|
<xsl:attribute name="schemeURI">
|
229 |
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|
<xsl:text>http://orcid.org/</xsl:text>
|
230 |
|
|
</xsl:attribute>
|
231 |
|
|
<xsl:attribute name="nameIdentifier">
|
232 |
|
|
<xsl:value-of select="substring-after(./*[local-name()='contrib-id'][@contrib-id-type='orcid'], 'http://orcid.org/')"/>
|
233 |
|
|
</xsl:attribute>
|
234 |
|
|
</xsl:if>
|
235 |
|
|
<xsl:value-of select="concat(normalize-space(./*[local-name()='name']/*[local-name()='surname']), ', ', normalize-space(./*[local-name()='name']/*[local-name()='given-names']))"/>
|
236 |
|
|
</xsl:element>
|
237 |
|
|
</xsl:for-each>
|
238 |
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|
</xsl:template>
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239 |
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240 |
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|
241 |
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242 |
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|
<xsl:template match="//*[local-name() = 'header']">
|
243 |
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|
<xsl:copy>
|
244 |
|
|
<xsl:apply-templates select="node()|@*"/>
|
245 |
|
|
<xsl:element name="dr:dateOfTransformation">
|
246 |
|
|
<xsl:value-of select="$transDate"/>
|
247 |
|
|
</xsl:element>
|
248 |
|
|
</xsl:copy>
|
249 |
|
|
</xsl:template>
|
250 |
|
|
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251 |
|
|
|
252 |
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|
<xsl:template match="node()|@*">
|
253 |
|
|
<xsl:copy>
|
254 |
|
|
<xsl:apply-templates select="node()|@*"/>
|
255 |
|
|
</xsl:copy>
|
256 |
|
|
</xsl:template>
|
257 |
|
|
</xsl:stylesheet></CODE>
|
258 |
|
|
</SCRIPT>
|
259 |
|
|
</CONFIGURATION>
|
260 |
|
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<STATUS/>
|
261 |
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|
<SECURITY_PARAMETERS>SECURITY_PARAMETERS</SECURITY_PARAMETERS>
|
262 |
|
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